台胞證如果有損毀，或卡面字跡不能識別等問題，就必須要申請換發新的台胞證。
在台灣無法直接向大陸官方申請，必須透過有資質的台灣旅行社，將台胞證申請資料遞交澳門或香港中國旅行社辦理。
最常見且安全的方式： 透過澳門中國旅行社在台灣指定有資質的台胞證代辦社（台北宏欣旅行社、台中廣禾旅行社、台南及高雄佳洲旅行社），將申請資料送到澳門申請，免去親自飛往港澳的費用與時間。
| 申請類別 | 工作天 | 費用 (NT$) |
|---|---|---|
| 一般件 | 7天 | 2,600 |
| 急件 | 4天 | 3,400 |
有更改姓名、身分證字號或是雙胞胎的，需附上六個月內戶籍謄本正本（記事內容需詳列全部的改名記錄，不得省略）。
出生地在國外的台灣居民辦理換證，除了基本的申請資料外，需加附下列資料：
三個月內申請，記事欄內容不可省略。未滿16足歲者要包含父母（若不同戶需分開申請）。
依初設戶籍時提供證件擇一：歸化國籍許可證書、入境證副本、定居證或入境許可證明。
如有需要，將由代辦處現場提供並協助填寫。
工作天並非保證：本公司僅初步審視資料，由廣東公安廳出入境管理局審批核發。如需延審、補件或系統當機，下件日期將延後，依不同狀況重新計算工作天。
補件通知：單純資料問題(如換照片)會告知回件日。若需補身分查核文件(如全戶謄本)或延長審件，則無法得知下件日期，需待下件後才能電話通知取件。
手續費：送件後查出有效期舊證，或無法補件等個人因素撤件不辦者，需收取手續費(請洽各代辦社)。